日光石头博物馆分6大主题馆，分别是冰河时期、恐龙奥秘、地球遗产、自然奇石、矿石之美、萤光矿物，其中冰河时期的大角鹿化石更是稀有，而三页虫化石、鹦鹉螺化石也相当吸引人，还有会发出萤光的矿物也是平常难得一见。